Déjà pointée du doigt avecPapa Don't Preach , Madonna frappe encore plus fort avec le clip de Like A Prayer, qui parle d'extase religieuse à travers une gestuelle ouvertement sexuelle. La chanteuse porte sur ses mains les stigmates du Christ, embrasse la statue d'unJésusnoir, et mime l'orgasme en plein milieu d'une église, aux chants d'une chorale gospel. Elle s'attaque également au racisme, au Ku Klux Klan et aux abus policiers envers les noirs, pointant du doigt des siècles de discriminations raciales.
Scandalisées par les paroles ambiguës du morceau et par les images ouvertement érotiques de son clip, les communautés chrétiennes du monde entier hurlent au blasphème. L'affaire résonne jusqu'au Vatican, où le pape Jean Paul II appelle à bannir la chanson de toutes les antennes d'Italie.